Giovanni Magherini nacque a Figline Valdarno nel 1852. Uomo di profonda cultura e particolarmente incline agli studi di ricerca storica, ricercatore e cultore delle memorie di Città di Castello, da lui considerata la sua seconda terra d'origine, sposò la contessa Maddalena Libri Graziani, dei conti Libri di Firenze e dei conti Graziani di Città di Castello, acquisendone il titolo e il cognome.
Gli studi e le ricerche di Giovanni Magherini Graziani si rivolsero prevalentemente alla storia dell'arte. Pubblicò infatti una monografia su Masaccio ed una su Raffaello, oltre ad una "Storia artistica di Città di Castello". Si interessò anche di storia locale e di tradizioni popolari dando alle stampe, tra il 1890 e il 1900, una "Storia di Città di Castello" in tre volumi e, nel 1910, la raccolta di leggende e storie popolari della tradizione valdarnese "In Valdarno (racconti toscani)".
Appassionato di teatro, nel 1894 fece rappresentare al Teatro degli Illuminati di Città di Castello una sua commedia dal titolo "Chi stuzzica il can che giace". Fu, inoltre, il promotore della Società filarmonica e della Società operaia di mutuo soccorso di Città di Castello. Morì nel 1924.